هر شش سال یکبار ، در یک نبرد باستانی جنگجویان متخصص "جیو جیتسو" برای محافظت از زمین با یک بیگانه شرور روبرو می شوند . هزاران سال ، مبارزانی که از زمین محافظت می کنند ، طبق قوانین بازی می کنند و پیروز می شوند. تا هنگامی که "جک بارنز" از یک مهاجم بیگانه شکست می خورد و ....

داستان این فیلم درباره‌ی یک تاجر بزرگ حیوانات برای باغ وحش است که یک کشتی را برای جابه‌جایی حیوانات وحشی اجاره کرده است. اما در این میان نیز فردی خطرناک به طور پنهانی وارد کشتی می‌شود و بعد از مدتی حیوانات را آزاد می‌کند. اکنون کشتی دچار آشوب و هرج و مرج می‌شود و…

داستان در مورد چهار برادر جهش یافته لاکپشتی است. لئوناردو ، رافائل ، داناتلو و مایکل آنجلو. چهار برادر توسط استادشان اسپلینتر آموزش دیده اند و حالا میخواهند در برابر دشمنشان شردر از شهر محافظت کنند.