داستان این انیمه که بر اساس انیمه سریالی "گینتاما" ساخته شده و به عنوان پایان داستان سریال به حساب می آید، از این قرار است که "گینتوکی"، "تاکاسوگی" و "کاتسورا" با نیروهایی که مقر ترمینال را تصرف کرده اند، می جنگند. مادر در بالای مقر، مقادیر زیادی آلتانا را جذب می کند و آن را به کودک شویو می دهد تا او را زنده و جاودانه کند. اما در همین حال حملات شدیدی صورت می گیرد و ....

هنگامی که پلیس شینسنگومی در حرج و مرج و بحران قرار می‌‎گیرد ، گروه یوروزویا برای محافظت از شوگان کشور باز می‎گردند و…

در دوره زمانی که بیگانگان به توکیو حمله کرده ، یک سامورایی جوان پیدا می شود که می تواند آنجا را نجات دهد ...